Taimestikku vaadeldakse kõrgeima võimaliku veetaseme joonest kuni taimede suurima paadist fikseeritava kasvusügavuseni (nähtava piirini avajärves). Kuna Peipsil segab välitööde tegemist oluliselt lainetus, siis pole kõigil juhtudel taimede maksimaalse kasvusügavuseni võimalik jõuda.
GPS-i abil fikseeritakse transekti alguspunkti koordinaadid. Transekti laiuseks on kaldal ja madalvees ca 20m, sügavamal ca 10m. Veesügavuse määramiseks kasutatakse nööriga taimekonksu, mille abil ühtlasi tõmmatakse üles pinnalt nähtamatuid taimi. Seire käigus tehakse kindlaks erinevate taimerühmade sügavuspiirid ja vee läbipaistvus (Secchi kettaga). Mõõdulindiga määratakse transekti algusest ca 100m järve poole taimestikuvööndite laiused ja kirjeldatakse nende koosseis ning katvus. Transektidel määratakse liigiline koosseis ja kirjeldatakse suhtelised ohtrused *(Braun Blanquet skaalas 1...5 palli).
*Ohtrus – ühe liigi isendite suhteline hulk (teiste liikidega võrrelduna) mingil proovialal.
Selgepiiriliste väiksemate rootukkade laiust mõõdetakse igal aastal juurdekasvu määramiseks. Transektil loendatakse pilliroo ja/või kaisla võsude arv kahel 1*1 m ruudul.