Varasemad kogu Peipsi järve või suurt osa järvest hõlmanud botaanilised vaatlused toimusid erinevate uurijate osalusel aastail 1962-1963, 1966-1970, 1970-1971, 1980 ning 1988-1989 (Mäemets jt, 2008). Alates 1997. aastast alustas Peipsi taimestiku seire tegemist teadur Helle Mäemets ning 2004. aastast toimub riiklik seire (monitooring) kümnes Eesti poole punktis Värskast Rannapungerjani (vt allpool olevat joonist). Vastavalt Eesti-Vene piiriveekogude kaitse ja säästliku kasutamise ühiskomisjoni poolt kinnitatud seirealasele koostööprogrammile toimuvad ka Peipsi taimestiku ühisseired koos vene botaanikutega. Vene poole koostöövalmidusest sõltuvalt pole ühisseire siiski kõikidel aastatel (näiteks 2010, 2012) toimunud.
Peipsi taimestiku seire eesmärgiks on:
*uurida, kuidas kajastuvad järve ökosüsteemis toimuvad muutused taimestikus *saada infot eutrofeerumise ja taimestiku muutuste seostest ning jälgida pika- ja lühiajalisi muutusi *selgitada, milline on looduslik aastatevaheline varieeruvus *selgitada pilliroo muutuseid *koguda infot looduskaitsealuste liikide kohta